El Aula Marina está ubicada dentro del Campus de la Universidad de Almería, en una ubicación privilegiada junto al mar. Además de albergar modernos edificios e infraestructuras destinados a docencia e investigación, está dotado de una excelente biblioteca, cafeterías, zonas verdes, etc. que amplían de manera significativa la acogida que el Aula Marina pueda brindar a sus visitantes con el fin de apoyar las actividades que se desarrollen en la misma.

Dentro de dicho campus los espacios destinados al Aula Marina se sitúan dentro del Edificio Científico Técnico V (CITE V). Concretamente en el despacho D2-08, segunda planta del edificio, donde dispone de una oficina para su gestión y en el aula-laboratorio del semisótano donde dispone de un laboratorio para el desarrollo de sus actividades.